Como tantas otras iglesias en España, la historia de la iglesia de San Nicolás comienza durante la época del dominio musulmán. En aquella época, el lugar estaba ocupado por una mezquita, que más tarde fue retirada para dar cabida a una parroquia, después de que los cristianos reconquistaran España. Con el pasar de los siglos, esta parroquia también fue reconstruida, dando lugar a la iglesia que podemos apreciar hoy en día.

Muchas de las características que podemos apreciar en la actualidad se añadieron siglos después de la construcción de la estructura inicial, tal es el caso de la decoración barroca del interior.

• Previo al año 1200 Mezquita

  La dominación árabe en Valencia duró prácticamente cinco siglos. Durante este tiempo, en el lugar se construyó una mezquita. Algunos incluso creen que antes de eso, en el mismo lugar se encontraba un templo romano.

• 1242-1245 Iglesia primitiva

  En el emplazamiento de lo que fuera la antigua mezquita se construyó una parroquia. De hecho, esta fue una de las primeras iglesias establecidas después de la Reconquista cristiana.

• 1419-1454 Transformación al estilo gótico

  La iglesia preexistente comenzó a sufrir transformaciones que la acercaron al estilo gótico, popular en Valencia durante aquella época. Esto ocurrió bajo las órdenes de Alfons de Borja, el entonces obispo de Valencia, y posteriormente del Papa Calixto III.

• 1455 Expansión

  La base de la iglesia se amplió para ocupar el terreno donde se encontraba el cementerio parroquial (fossar). Se añadió una bóveda de crucería a la nave y se elaboró el rosetón.

• Siglos XVI-XVIII Remodelación

  Las modificaciones y ampliaciones continuaron durante los siglos XVI, XVII Y XVIII. Se añadieron salas al tabernáculo, capillas laterales, pasillos, torres y posteriormente distintos elementos.

• 1690-1693 Decoración barroca

  El interior gótico se cubrió con decoraciones barrocas, de acuerdo con el estilo influyente de la época. Estos cambios incluyeron la sustitución de la bóveda gótica por una encamonada, una falsa bóveda, así como añadidos churriguerescos. El churrigueresco es el típico barroco español, fastuoso y ornamentado.

• 1700 Frescos

  Además de los cambios arquitectónicos, se añadieron pinturas al fresco en las bóvedas, los pilares y los techos, obra de Dionís Vidal.

• 1757 Campanario

  La cúpula, en lo alto del campanario, se terminó de construir en 1757.

• 1864 Adiciones neogóticas

  La otra puerta y la fachada que da a la plaza de San Nicolás, son creaciones neogóticas de Joaquín María Calvo Tomás.

• 1936-1939 Guerra civil española

  Durante la Guerra civil española, todas las campanas, excepto la Vicent (que data de 1755), desaparecieron. Posteriormente fueron sustituidas por cuatro nuevas campanas.

• 1981 Monumento nacional

  La iglesia fue declarada monumento histórico-artístico nacional.

• 2000 Restauraciones

  El campanario fue restaurado en 2007. Los frescos recuperaron su esplendor original en 2016 tras un enorme trabajo de restauración.